在封印的都市中被废弃的天象馆，误入其中的男人所见到的机器人少女，那是被繁星所引导的奇迹的物语。那是世界大战之后雨下个不停的世界。受到细菌武器的影响，而被人们抛弃了的最危险的城市“封印都市”。在某个百货商场的天文馆中，有一个机器人少女。她的名字是“星野梦美”。她是天文馆的解说员，1年之中只有7日运行的损坏的机器人。就这样，少女在这30年间始终相信着会有某个人到访天文馆，一个人在这个没有其他人的世界等待着。然后，在第三十个年头醒来的那天，她的面前出现了一个男人。

美术大学学生竹本和学长真山以及多次留级的森田一起生活在单身公寓里，大家的生活风清云淡却也乐趣无穷。他们的老师花本先生向三人介绍了自己表兄的女儿，阿久。外表幼小的阿久有着惊人的艺术表现力，竹本和森田都不觉得对她一见钟情。难以言表的爱情、友情在三人之间渐渐弥漫。另一方面，真山爱上了花本老师的朋友理花小姐，而理花却深陷对逝世丈夫的怀念，难以自拔。和真山青梅竹马的山田，在坚强爽朗的个性下却常常因为对真山的单恋而独自落泪。那个夏季，空气里弥漫着甜蜜也氤氲着苦涩，四叶草在风中摇曳，等待幸福的孩子们采摘。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

这是一个被命运背叛的男人，战斗、继续战斗、不断战斗的热血故事。日复一日，地下村庄基哈村的少年西蒙始终拿着钻头挖掘，并习以为常。但是，西蒙的好友，被称为“大哥”的卡米那终日叫嚣着所谓地上的世界。“穿破天际，到地上的世界去看一看吧”卡米那每日这样想着。但一直未能成功。直到一天，巨大的机械怪物——“颜面”打破村子的天井，进入村子破坏。确认了地上世界的存在，卡米那热情高涨，与地上来的少女优子、小弟西蒙三人一起对抗颜面，并驾驶西蒙意外挖出的机械——“裸眼”冲出了天井，达到了地上的世界！地球表面展现在少年少女面前，但其实地表上有更多的“颜面”，不断战斗的冒险故事就此展开。西蒙的未来，以任何人都无法想象的方向展开。

在外人看来，宫则雪野（榎本温子配音）品学兼优，性格开朗，乐于助人，是个无可挑剔的完美女孩。可是一旦回到家里，她便立刻褪去伪装，穿着邋遢，脾气暴躁，最让人咋舌的是，雪野对于他人赞美的虚荣心膨胀到了极限。偶然中，雪野的双重性格被同班同学有马总一郎（铃木千寻配音）发现了。但是，有马总一郎并没有因此而厌恶雪野，反而渐渐的被这样的双重性格所吸引。这究竟是为什么呢？原来，有马也有着属于自己的秘密。有马出生于医学世家，性情温和成绩优异。这样的他总是能得到大家的目光，但这目光同时也带给了他很大的压力。为了维持昔日的完美形象，他不得不掩盖其他那扭曲的黑暗性格，这让他身心俱疲。这样的有马遇见了雪野，痛苦的他逐渐意识到，其实他并不用时时刻刻都带着虚假的面具，起码在雪野面前可以不必如此。彼男和彼女之间，一丝特殊的情愫正在慢慢生长。