在亚美斯多利斯期间，爱德华・艾尔利克（朴璐美饰）和弟弟阿尔方斯（钉宫理恵饰）遭遇了还有两个月就可以刑满释放的越狱犯梅尔文（森川智之饰），结果发现对方拥有不输于艾尔利克兄弟的强大炼金术。根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击，同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿（坂本真绫饰）。一番混乱之后，他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品，而她的人民也决定利用圣星的利用重新复兴祖国与民族……本片根据荒川弘的漫画原著改编。

在东京的宁静角落，生活着幸福的三口之家。而今，这户人家迎来了新生命。爱撒娇的儿子小君，迎来刚出生的妹妹，他感到父母对自己的爱被妹妹夺走，正在恼怒之时，小君却在庭院中遇到来自“未来”的妹妹，并开启了穿越之旅，在家族之树的时空中，他和“未来”的妹妹一起，与童年的母亲、年轻时代的曾外祖父、甚至未来的自己相遇，在冒险中，小君领悟到不同形式的“家族之爱”。

每天入夜，当春日部的居民们酣然入睡之后，他们都会来到一个神奇而又美丽的梦中世界中。在那里，他们可以实现一切想要实现的愿望，满足一切渴望满足的要求，这个梦中的世界充满了快乐和幸福。某日，一个名为贯庭玉崎的女孩跟父母一起搬来了春日部市，成为了这个城市中的新的一份子。然而，从那一天开始，大家就再也没有做过美梦了。那个曾经温暖的梦中世界，如今充满了痛苦、悲哀和恐惧，而梦境中的灾难亦渐渐延续到了现实之中。这一切的发生，显然和玉崎有着脱不清的干系。为了弄清事件的真相，小新（矢岛晶子配音）联手风间（真柴摩利配音）和妮妮（林玉绪配音）等小伙伴们展开了调查。

以主人公安久为轴，描写战斗少女们的群像剧。故事讲述了掌握了高端情报技术“玛娜”的人类，借助它的力量克服了地球上的战争、饥饿、污染等问题，终于迎来了和平的理想乡。然而，作为皇国第一皇女的安久丽莎，却因无法使用这等魔法之力而沦为士兵，并被派遣到偏僻的岛屿上，同其他少女们操纵变形人型兵器“帕拉美露”，共同对抗入侵而至的巨大攻击型生物——龙。于是，少女的不屈物语就此开始了……