明治维新时期，敌我双方为了各自的理想和目标而奋勇厮杀。在此期间，名人志士不断涌现：大久保利通、木户孝允、坂本龙马、冲田总司。维新一派为了推动新时代的到来，不惜采取暗杀的手段，而绯村剑心正是众多刺客的中的一员。孤儿出身的绯村师从比古清十郎学习飞天御剑流剑法，年轻气盛的下山参战，在奇兵队中崭露头角。凭借一身的本领，绯村最终成为令幕府一派闻风丧胆的刽子手拔刀斋，同时他也和宿敌壬生狼斋藤一有过无数次对决。明治政府建立后，绯村收起屠刀，成为一名腰挂逆刃刀的浪人。在流浪途中，他结识了神谷道场的继承人阿薰、东京府士族后代明神弥彦以及原赤报队成员相乐左之助。在一次次的战斗中，他们的友情不断加深，绯村那颗满是血污的心灵也慢慢得到净化……本片根据同名漫画改编。

幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……

　　小丸子是一名小学二年级的女生，她活泼、好动、懒惰、什么事情都拖到最后一刻才做、学习不认真、成绩平平、经常和姐姐斗气、爱幻想、做事没恒心……在小丸子身上我们或多或少都看到了自己童年的影子。如果小丸子算是一个“怪人”的话，那么她的周围可谓“怪人”多多，有点神经质的班长丸尾同学、权利欲极强的女副班长、经常和小丸子一起疯的爷爷，讨人厌的宾治同学等等，这群性格各异、精力充沛的小孩、大人们，每天都在演绎着生活的趣事，伴随着小丸子一天天长大。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。