普通的女高中生日下部栗（桑岛法子配音）一直以来的生活都不咸不淡，平淡但也快乐。直到有一天，她被告知她是圣女贞德的转世。知道这个事情的日下起初大感惊讶和不相信，但随之而来的各种魔法让她不得不认清这个现实。而这个特殊的身份自然赋予了她不得不完成的使命，她需要封印藏匿于四处的恶魔，防止它们危害人间，而这个正义的举动却遭到了误解。于是乎，贞德的前面被冠以了怪盗之名，成为了众多人追逐的对象，其中包括了怪盗辛巴达，也就是日下的同学名古屋稚空（千叶进步配音）的追逐和保护。于是乎，一场场惊险的怪盗之旅在黑夜的上空开始。本片改编自漫画家种村有菜的同名漫画。

在未来世纪（FutureCentury，F.C.）由于地球严重被污染，人类移往宇宙殖民星，建立了新中国、新日本、新美国等殖民星国。各国在地球虽然还存有领土，但已受到严重的忽视。为了避免战争，各国决定以一场高达擂台赛(GundamFight，高达武斗)来决定各殖民星国对地球的统治权。比赛每四年一度，以地球为擂台，每个国家（殖民星）派出一位代表参赛，一对一以高达对战，直至只有一名胜利者。胜利者所属国家可擭得各殖民星国及地球管理权四年，直至另一个国家在下一次高达对决获胜。而活在地球上的居民，便要忍受在各国代表在对战时所造成的破坏。故事发生在未来世纪六十年开始，当时正开始第十三届高达擂台赛。故事的主角，来自新日本的codeerror!，为了追寻盗去以DG细胞三大理论，自我增殖、自我再生、自我进化设计出来的codeerror!(DevilGundam)的兄长，决定参加这一次的高达对决，故事就此展开。

本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……

性格内向的青柳立夏（皆川纯子 配音）身上总是带着莫名的伤痕，这样的他理所应当的成为了同学欺负的对象。可是这样的立夏依旧有着温柔的一面，他手持着相机，希望能够制造共同的回忆。以前的立夏并不是这幅摸样，这一切要从他的哥哥青柳清明（成田剑 配音）的被害说起。清明的死给立夏的全家都带来了毁灭性的打击，也成为了立夏挥之不去的阴影。突然有一天，一个名叫我妻草灯（小西克幸 配音）的金发男子出现在了他的面前。草灯告诉立夏，他是清明的的战斗机，每位战斗机都有一个能用语言操纵他们的主人，而自己曾经的主人就是清明。现在，清明死了，他则受清明之托，前来成为立夏的战斗机。草灯还告诉立夏，他发现清明死有蹊跷，恋兄心切的立夏暗暗下定决定，要和草灯一起，察明哥哥的真正死因。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。